<?php query_posts('cat=-除きたいカテゴリー番号&posts_per_page=1ページに表示する記事数&paged='.$paged); ?>
<?php if (have_posts()) : ?>
<?php while (have_posts()) : the_post(); ?>

ただしこのままだとカテゴリーで除いたページ数だけ上のページナビ（Twenty Elevenのテーマ）に余りが出たので、

index.php（メインインデックスのテンプレート）

<?php query_posts('cat=-除きたいカテゴリー番号（複数指定カンマ区切り）&posts_per_page=1ページに表示する記事数&paged='.$paged); ?>
<?php twentyeleven_content_nav( 'nav-above' ); ?>
<?php if (have_posts()) : ?>
<?php while (have_posts()) : the_post(); ?>

nav-aboveを上の位置に入れ込んだら正常に動きました！

Newpost Catchで特定のカテゴリーを除く方法

そして自分は最近の投稿に画像を出せるNewpost Catchを使わせてもらってるので、
そこからも特定のカテゴリーを除こうと。

newpost-catch/class.php

query_posts("cat=-除きたいカテゴリー&showposts=" . $number . "&ignore_sticky_posts=1" );

これでいけました